وی هنگام اشغال لبنان و سوریه به دست فرانسه در مقابل استعمار ایستاد و فتوای جهاد داد و به همین دلیل نیز محکوم به اعدام شد. او دو بار به مصر سفر کرد، یک بار پیش از اعلام حکم اعدام و بار دوم بعد از آن که فرانسویان وجود او را در لبنان برای مصالح سیاسی و اهداف استعماری خود خطرناک دانستند به مصر پناه برد. در آن جا همه را به وحدت در مقابل بیگانگان دعوت کرد و همان جا بود که جمله ی معروف خود را بیان کرد:
«فَرَّقَتْهُما السیاسة، فَلْتَجْمَعْهُما السیاسة» یعنی شیعه و سنی را سیاست و اهداف سیاسی از هم جدا کرد و باید سیاست آنها را با هم جمع کند. سخنان او را «رشید رضا» نویسنده مشهور مصری در مجله «المنار» چاپ کرد.
- فعالیت اجتماعی در فلسطین و سوریه
سید بعد از بازگشت از سفر اول مصر هم چنان به مبارزات ضد استعماری خود ادامه می‌داد تا آن جا که فرانسویان شخصی را مأمور کردند تا به خانه او برود و سید را دستگیر کند و مدارک و طومارهایی را که او علیه استعمار فرانسه جمع کرده بود با خود بیاورد؛ اما آن شخص ناکام بازگشت. بار دیگر نیز خانه شرف‌الدین به دست عمال استعمار به آتش کشیده شد و کتابخانه او که محتوای تألیفات گران‌بها و چاپ‌نشده او بود طعمه حریق گشت.
او در اواخر سال 1338 هجری از مصر خارج شد و برای این که به وطن خود نزدیک باشد به فلسطین آمد. در فلسطین و سوریه نیز به فعالیت‌های اجتماعی می‌پرداخت و به حال تبعیدیان لبنانی رسیدگی می‌کرد. در آن هنگام فلسطین در اشغال انگلیسی‌ها بود. از آن جایی که پسر دایی شرف‌الدین تحت تعقیب انگلیسی‌ها بود و به همین دلیل مورد احترام فرانسوی‌ها، توانست وساطت کند و حکم اعدام او لغو شود، همین امر سبب شد تا شرف‌الدین بتواند به وطن برگردد.
- نماز جماعت در مسجدالحرام
در سال 1340 هجری قمری آماده سفر حج شد و از بیروت با یک کشتی همراه با تنی چند از یارانش به سوی خانه خدا رهسپار شد. در عربستان با استقبال باشکوهی از طرف مقامات دولتی و نماینده پادشاه وقت عربستان «ملک حسین» روبه‌رو شد. حج آن سال به خاطر حضور شرف‌الدین یکی از باشکوه‌ترین مراسم حجی بود که تا آن روزگار مکه به یاد داشت. او در غبارروبی و عطرافشانی خانه کعبه همراه ملک حسین شرکت کرد و به خواست او نماز جماعت را در مسجدالحرام اقامه نمود. این اولین نماز جماعتی بود که در مسجدالحرام به امامت یک عالم شیعی برگزار می‌شد و همه مسلمانان اعم از شیعه و سنی پشت سر او نماز خواندند. این مهم از افتخارات شرف‌الدین همچنین از آرزوهای دیرین او بود که شیعه و سنی در یک صف و در قبله مسلمین جهان، بدون تقیه و واهمه از یک دیگر، برادرانه نماز جماعت را به طریق اهل بیت (ع) بخوانند.
- بنیاد نهادن مدارس اسلامی
یکی از کارهای علامه شرف‌الدین در راه وحدت اهل تسنن و تشیع گرامیداشت روز میلاد پیامبر (ص) بود. او میلاد را در دوازدهم ربیع‌الاول جشن می‌گرفت و هنگامی که مراسم جشن در مسجد و خانه خودش پایان می‌یافت به جشن اهل سنت می‌رفت و با آنان در برگزاری این جشن بود که مشارکت می‌کرد.
از بزرگ ترین کارهای اصلاحی سیدعبدالحسین شرف‌الدین در لبنان که در راستای مبارزات ضد استعماری او صورت می‌گرفت بنیاد نهادن مدارس اسلامی بود که در آنها به رایگان به دختران و پسران مسلمان دروس جدید و معارف اسلامی می‌آموختند. این مدارس را به خاطر رویارویی با مدارس تبشیری و مدارس دولتی که به روش غربی اداره می‌شد بنا نهاد.
- مؤید جنبش‌های آزادی‌بخش و حرکت‌های انقلابی
علامه سیدعبدالحسین شرف‌الدین در مقام مصلح مسلمان و رهبر سیاسی عقیدتی شیعیان و بهتر بگوییم مسلمانان لبنان نمی‌توانست نسبت به مسائل سیاسی که در سایر کشورهای اسلامی می‌گذشت بی‌اعتنا باشد، از این جهت، او همواره مؤید جنبش‌های آزادی‌بخش و حرکت‌های انقلابی در سرزمین‌های اسلامی بود. او از جمله مشوقین و تأییدگران جنبش عربی، مصر و ملی شدن کانال سوئز در سال 1956 میلادی بود.
صنعت نفت ایران در سال 1329 شمسی (1370 ه ق) ملی شد. شرف‌الدین از این جنبش و مقاصد و اهداف رهبران این حرکت در ایران آگاهی کامل داشت و مردم لبنان را نیز در جریان این حرکت ملی قرار داده بود. تا آن جا که به هنگام سفر «آیت‌الله کاشانی» به لبنان (1331 ه ش) و دیدار با علامه شرف‌الدین مردم لبنان نیز از او استقبال شایانی کردند و آیت ا... کاشانی از آگاهی مردم لبنان نسبت به مسائل ایران اظهار شگفتی کرد.
- شهید نواب صفوی مهمان علامه
«شهید نواب صفوی» نیز در سال 1332 شمسی در اوج مبارزات «فدائیان اسلام» سفری به کشورهای عربی کرد و در سر راه خود برای شرکت در کنفرانس قدس، شبی مهمان علامه شرف‌الدین شد و با او درباره مسائل مهم سیاسی و اجتماعی کشورهای اسلامی به گفت‌وگو نشست.
سیدعبدالحسین شرف‌الدین بعد از گذراندن عمری تلاش در راه اتحاد مسلمین و مبارزه با استعمار و به جای نهادن آثاری متعدد در شناخت مذهب شیعه و دعوت به وحدت مسلمین به سال 1377 ه ق در لبنان درگذشت و پیکرش در نجف اشرف در جوار جد بزرگوارش حضرت علی (ع) به خاک سپرده شد.
